科技需求调研办公室在实践中逐步摸索和探讨最佳的课题管理模式和方法，对子课题实施过程管理，建立了工作日志，实行日工作总结和详细的联络档案记录制度。为了加强对子课题研究的过程管理，并保证研究成果质量，成立了城市建设与管理、区县工作、产业发展三类子课题督导工作组，对课题进行实时跟进和频繁交流。其中在区县工作和产业发展板块课题建立了子课题进展周报告制度，以一周为单位对课题进行跟进，并要求提交书面的周进度报告。

    在质量控制方面，11月中下旬，以各分报告为单元，组织专家组对各子课题的中期成果进行审议、检查。根据各子课题研究成果，提出修改、调整意见，或者中止某些子课题的执行。2006年1月，在各子课题研究结束后，又对各子课题研究成果进行了专家评议。

    分报告撰写的过程控制上，科技需求调研办公室主要是通过集中办公、随时报告进度和重大发现、召开研讨会等形式进行。为保证分报告的研究质量，在2005年12月29日，在分报告阶段成果提交的基础上，科技需求调研办公室以邮寄方式，向38位科技管理资深专家、行业或领域资深专家，以及政府相关部门官员征求对科技需求工作、科技需求调研分报告的意见和建议。